Københavns Universitets 1. Botaniske Have (Hortus Medicus) blev oprettet ved kgl. skøde og gavebrev af 2. august 1600, beliggende på en grund ved Skidenstræde, det nuværende Krystalgade, på det tidligere Zoologiske Museums plads. Der skulle bygges en "Residentz" i studiegården som bolig for en af professorerne med et jordtilliggende bestemt til en botanisk have "hvorudi kan ympes og plantes synderlige Simplicia, og skal den Professor, som i formeldte Residentze bliver boende, have Opseende". Med oprettelsen af haven bevilgedes ingen midler til vedlige holdelsen endsige løn til en gartner. Der skulle gå henved 100 år før en af de kendte tilsynsførende, Rasmus Caspar Bartholin, stiftede et legat i 1696, hvoraf renterne skulle bruges som tilskudshjælp til at holde en "urtegaardsmand". En af de kendteste personer fra denne tid, Ole Worm (1588-1654) arbejdede omrking år 1620 på en reform af den medicinske og botaniske undervisning og på en rekonstruktion af den botaniske have, men planerne blev ikke udført. I 1621 overtog han selv ledelsen af den forfaldne have og indførte et stort antal danske lægeplanter og sjældn udenlandske arter, takket være hans mange bytteforbindelser med udlandet.
Virkeligt ordnede forhold for haven blev først muliggjort i 1769 ved Christian VII's gave på 2.500 daler til universitetet, hvoraf renten skulle bruges til havens istandsættelse og dyrkning. Allerede året efter skænkede kongen en del af Oeder's Botaniske Have ved Amalienborg til universitetet, da planerne om udvidelsen af den gamle have ikke blev til noget. I 1778 blev den 1. Botanisk Have nedlagt. Christian Friis Rottböl (1727-1797), medicinsk professor, nåede dog i de sidste år at opføre et væksthus.
Københavns Universitets 2. Botaniske Have (Oeder's Have) blev
oprindeligt anlagt af G.C. Oeder i 1752 på foranledning af Frederik
V, nord for Frederiks Hospital. Amaliegade delte haven i to dele, en vestlig
på 11.106 kvadratalen og en østlig på 24.539 kvadratalen,
som aldrig blev udnyttet. Kun den mindre have blev nogenlunde færdiganlagt,
bl.a. opførtes drivhuse, og haven åbnedes for publikum 1763.
Havens direktør blev den tyskfødte G.C. Oeder. For at under
strege havens økonomiske betydning udkastede Oeder den tanke at udgive
et billedværk over alle danske og norske planter. Det blev begyndelsen
til "Flora Danica". Havens levetid blev kort. Kongen tilbagekøbte
haven i 1778 og skænkede en ny grund til en botanisk have ved Charlottenborg.
Planerne til en ny botanisk have i slotshaven blev godkendt af kongen den
22. juli 1778. Haven skulle ledes at 2 direktører, 1 valgt fra universitetet
og 1 fra kongen, hhv. C.F. Rotböl og Th. Holmskjold. I 1817 forandredes
havens forfatning, idet den samlede ledelse gik over til Botanisk Have med
en enedirektør, og med J.W. Hornemann som den først udnævnte.
Havens størrelse var ca. 3 tdr. land, et lavt. vandlidende areal,
begrænset af Charlottenborg, Nyhavn, Mynten og Bremerholm. Mod Nyhavn
opførtes hovedbygningen, som mod nord rummede Botanisk Museum og
tjenestebolig for havens direktør og den botaniske gartner. I overetagens
midterbygning var havens bibliotek indrettet. Dette udvikledes senere til
det Botaniske Centralbibliotek. Hovedbygningens sydvendte rum benyttedes
som overvintringshus for de"kapske planter". Havens første
væksthus, Guiones Koldhus, opførtes 1784. Som en gave fra kongen
opførtes 1803 et halvtagsvæksthus med 2 afdelinger, hver på
96 m2. Fra 1837 og i de følgende år opførtes flere nye
væksthuse.
Som tilskud til havens drift skaffede man sig indtægter ved salg af
planter og frø, et forhold, som var almindeligt for datidens europæiske
botaniske haver. På professor F. Schouw's initiativ blev al handel
i 1841 forbudt og aflønningsforholdene reguleret ved faste bevillinger.
Charlottenborg Haven blev på flere måder rammen om en meget
frugtbar udvikling. Som vigtige mærkepæle bør man nævne
oprettelsen af de første selvstændige, botaniske embeder i
1770 som botanisk gartner, og i 1778 som lektor ansat ved haven. Den første
udnævnelse som lektor faldt på M. Vahl, der havde en stor andel
i flytning af planterne fra Oeders Have til Charlottenborg Haven og siden
indlagde sig store fortjenester ved revisionen af havens plantebestand.
Med oprettelsen af dette embede blev grundstenen lagt for plantebestemmelsesembedet,
som nu har fungeret i over 200 år. Ved udnævnelsen af E.N. Viborg,
den 29. september 1797, til ekstraordinær professor i botanik, markeredes
botanikken som en selvstændig videnskab i Danmark.
Endnu et personnavn bør nævnes, botanisk gartner F.L. Holbøll,
som virkede i haven fra 1793 til 1829. Fra ham kender vi de ældste,
håndskrevne bøger over plantesamlingen, og han startede kort
efter sin tiltræden opbevaring af frø fra hver art i de såkaldte
originalposer, der samtidig tjente som løbende kartotekskort.
I 1839, I Hornemanns sidste år i haven, indførtes Endlichers
system (udgivet 1837-40) efter naturlige familier, og planterne blev nu
nummereret efter Endlichers slægtsnumre. Nummersystemet er i dag erstattet
af en elektronisk dataregistrering.
I tiden 1841-52 var J.F. Schouw direktør, og han sørgede blandt
flere væsentlige forandringer for, at de årlige frøkataloger
fra 1842 udsendtes som nytryk hvert år. En betydelig nydannelse var
oprettelsen af et kvarter for danske planter med 570 arter.
Vilkårene i den gamle Charlottenborg Have var meget dårlige
og trange, og fra 1842 og de kommende år forstærkedes nødvendig
heden af en flytning.
