Botanisk Have rummer 22.052 levende planter, alle registreret på EDB og repræsenterende 359 familier, 2984 slægter og 13210 arter, samt en lang række subspecifikke taxa og forsøgsplanter, der ikke er EDB-registreret. Havens genbank indeholder frø af henved 800 vilde danske arter, 1000 arter fra havens egne samilnger og 150 accessioner af særligt forskningdrelevante frø; derudover vedligholdes ca. 50 arter som vævskulturer i havens væslaboratorrium, deribland flere udryddelsestruede arter fra Mascarenerne og Galapagosøerne.
Planterne er sammensat således, at plantesystemet i største mulig grad er repræsenterer, at der er en bred geografisk og økologisk repræsentation af andre landes of klimaters floraer.
Dette betyder, at der opretholdes væksthuse og systmatiske kvarterer, som muliggør dyrkning af arter fra andre klimater, samt dyrkningsområder på friland med forskellige vækstbetingelser m.h.t. lys, temperatur, fugtighed, næringsforhold og jordstruktur.
Der dyrkes taxonomiske (Orchide-samlingen ), biologisk (Enårigt kvarter, kødædende planter ), økologisk ( Mosen, steppebrede), geografiske ( Danske kvater, madagascar-samlinger ) eller klimatiske sammenhænge ( Palmehuset, sukkulenthuset).
Haven er en af de rigeste plantesamlinger, botanisk set, på der europæiske kontinent. Haven har registret (EDB-system) over 25000 forskellige planter og dyrker 7-8000 forsøgsplanter. Der svare til ca. 10 gange så mange forskellige arter, som der vokser vildt i Danmark, og til næsten halvanden gang så mange arter som i hele den europæiske flora.
